ฟิชเชอร์เกิดที่เมืองอ็อยส์เคียร์เชิน ใกล้กับโคโลญ เป็นลูกของเลาเร็นทซ์ ฟิชเชอร์ นักธุรกิจ และยูเลีย เพินส์เกิน ภรรยาของเขา หลังจากสำเร็จการศึกษา เขาต้องการศึกษาต่อด้านวิทยาศาสตร์ธรรมชาติ แต่พ่อของเขาบังคับให้เขาทำงานในธุรกิจของครอบครัวจนกระทั่งเห็นว่าลูกชายของเขาไม่เหมาะ ต่อมาฟิชเชอร์เข้าเรียนที่มหาวิทยาลัยบ็อนใน ค.ศ. 1871 แต่ย้ายไปที่มหาวิทยาลัยสทราซบูร์ใน ค.ศ. 1872[6] เขาสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาเอกใน ค.ศ. 1874 จากการศึกษาเกี่ยวกับเทลิอีน (phthalein) ภายใต้การดูแลของอาด็อล์ฟ ฟ็อน ไบเออร์[6] และได้รับแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งในมหาวิทยาลัย